Trong khoa học phong thủy, nếu biết khéo léo vận dụng ngũ hành cho không gian giếng trời, sẽ đem lại sự hài hòa và cân bằng về trường khí cho nội thất.
Với vai trò phân bố ánh sáng và thông thoáng cho nhà, giếng trời thường được bố trí tại trung tâm của mặt bằng nhà (trung cung).

Đây là khu vực mang đặc tính của hành Thổ, cân bằng với các hành khác theo nguyên tắc Hỏa thăng - Thủy giáng - Thổ bình hòa hoặc Mộc chuyển - Kim ẩn - Thổ trung dung.

Bốn hành còn lại trong ngũ hành đều lấy Thổ làm cầu nối để tăng giảm, qua lại tương tác với nhau thông qua vật liệu, màu sắc, đường nét của những không gian trống mà giếng trời là đặc trưng. Từ đó, các bố trí nội thất sẽ cân nhắc tính chất Ngũ hành để điều chỉnh cho hài hòa. Ví dụ như một cầu thang lượn có hồ nước đặt dưới gầm là dạng Thủy vượng, sẽ khó sử dụng và gây ẩm thấp. Còn nếu đặt hồ nước ấy trong giếng trời, cho nước chảy trên tường, có ánh sáng trực tiếp chiếu xuống thì Thổ sẽ khắc Thủy vượng, Dương sẽ bù âm, giảm được tủ đọng tối tăm, tăng sự mát mẻ cho không gian.

Gặp dạng nhà mặt bằng méo mó, giếng trời nên đặt vào các góc méo theo dạng hành Hỏa (góc nhọn) để trả lại hình vuông vức cho nội thất (Hỏa sinh Thổ). Khi cần tiết kiệm diện tích, giếng trời có thể kết hợp với ô trống giữa hoặc bên cạnh cầu thang. Cách làm này tất nhiên không thông thoáng trực tiếp bằng giếng trời độc lập, nhưng khi trên nóc thang có cửa trời dạng chéo (Hỏa sinh Thổ) thì khả năng luân chuyển nội khí vẫn tốt và có thể trang trí vách cầu thang thành một trục nhấn toàn nhà.

Trường hợp nhà có cầu thang đi về một bên và đổi tầng, hoặc dạng cầu thang lệch tầng sẽ tạo thành dạng giếng trời xiên (cũng thuộc hành Hỏa) thuận tiện về giao thông và tầm nhìn, thông thoáng cũng tốt hơn.

Bố trí Ngũ hành cho giếng trời cần quan sát không gian bên cạnh là không gian gì, có đặc tính Ngũ hành nào để điều chỉnh và dùng chất liệu cho phù hợp.

Với những nhà thấp tầng hoặc chủ nhà không muốn đặt phòng thờ trên lầu cao thì giếng trời có mái là nơi phù hợp nhất để đặt phòng thờ, vừa tiện việc hương khói mỗi ngày (thoát hơi nóng dễ dàng) vừa không bị các không gian khác ở phía trên tác động xuống bàn thờ bên dưới. Đặc tính Thổ của giếng trời còn giúp phòng khách (cũng thuộc Thổ) có thể mở rộng sinh hoạt sang khoảng trống này, nhất là đối với nhà trệt hoặc biệt thự.

Nếu giếng trời bên cạnh phòng ăn (thuộc Mộc), thì có thể dùng cây cảnh, suối nước để có Mộc và Thủy tương sinh. Nếu mở giếng trời thông thoáng cho phần bếp thì nên bố trí theo dạng ống hút thẳng đứng (Mộc sinh Hỏa) nhưng trên đỉnh phải có mái che tránh mưa tạt. Có thể dùng mái bằng gắn kính lấy sáng hoặc mái dốc nghiêng (Hỏa) để tạo hiệu ứng ống khói hút nhiệt lên cao, không lan tỏa khói mùi sang các phòng khác.

Khi giếng trời kế bên phòng ngủ thì cách bài trí lại thiên về tính Thủy và Mộc bằng cách tạo trang trí nhẹ nhàng, màu tươi sáng. Những giếng trời để trơ trọi hoặc bọc khung sắt quá dày luôn không tốt bằng những giếng trời để thoáng có vật liệu gần gũi với thiên nhiên (Thổ, Mộc hoặc Thủy) và khung hoa sắt bảo vệ vừa đủ, có đường nét tạo hình sinh động cũng như biến giếng trời thành điểm nhấn nổi bật cho nội thất.

Theo Nhà đẹp